Vua Gioan IIKhi Columbus trở lại từ chuyến đi đầu tiên của mình vào đầu năm 1493, ông đã dừng lại ở Lisbon để tuyên bố chiến thắng của mình trước mặt vua John II. Phản ứng duy nhất của King John II đối với vấn đề này là theo Hiệp ước Alcáçovas trước đây đã ký với Tây Ban Nha, khám phá của Columbus nằm trong phạm vi ảnh hưởng của Bồ Đào Nha. Trước khi Columbus đến Isabella I của Castile, John II đã gửi một bức thư cho họ đe dọa sẽ gửi một hạm đội yêu cầu bồi thường cho Bồ Đào Nha. Tây Ban Nha nhanh chóng vội vã tới bàn đàm phán, diễn ra tại một thị trấn nhỏ của Tây Ban Nha tên là Tordesillas. Một đại diện giáo hoàng đã có mặt để làm người hòa giải. Kết quả của cuộc họp này là Hiệp ước Tordesillas nổi tiếng, nhằm phân chia tất cả các vùng đất mới được phát hiện trong Thế giới Mới giữa Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha.

Sự phân chia thế giới, tuy nhiên, không phải là vấn đề chính đã gây ra mối quan hệ giữa các vương quốc Iberia. Isabella I của Castile và Ferdinand II của Aragon có nhiều con gái, nhưng chỉ có một người thừa kế yếu đuối là John, hoàng tử của Asturias. Con gái lớn nhất, Isabella của Aragon, đã có gia đình với Afonso, Hoàng tử Bồ Đào Nha, từ khi còn nhỏ. Afonso là con duy nhất của John II và được vua yêu mến. Nếu Ferdinand chết mà không có người thừa kế của nam giới, như có thể xảy ra, Afonso sẽ là người thừa kế không chỉ đối với ngai vàng của Bồ Đào Nha, mà còn cho những người của Castile và Aragon. Mối đe dọa này đối với sự độc lập của Castilian và Aragonese là rất thực tế, và các Monarch Công giáo đã thử mọi thủ thuật ngoại giao để giải tán đám cưới. Cuối cùng, vào năm 1491, Afonso chết trong những tình huống bí ẩn: ngã từ con ngựa trong khi đi xe ở rìa sông Tagus. Ảnh hưởng của Isabella và Ferdinand trong vụ tai nạn này đã không bao giờ được chứng minh, nhưng hoàng tử là một tay đua xuất sắc, người phục vụ Castilian của ông trốn chạy, không bao giờ được nhìn thấy nữa, và sau đó, Isabella, người thừa kế, đã không còn kết hôn với kẻ thù của Castile. John đã cố gắng không thành công cho đến khi kết thúc cuộc đời của mình để hợp thức hoá Jorge, Công tước của Coimbra, con trai ngoài giá thú của mình.